十三經碑林珍藏有十三經刻石孔廟的十三經刻石共有189座，原存放于國子監東西六堂，1956年修繕國子監時移至孔廟與國子監之間的夾道內。十三經是研究儒學的珍貴史料。我國雖有“熹平石經”、“開成石經”，但都有不同缺陷，唯乾隆石經有獨特之處，所以“十三經刻石”又叫“乾隆石經”。
十三經碑林里的十三經刻石是儒家的13部經典著作。即《周易》、《尚書》、《詩經》、《周禮》、《儀禮》、《禮記》、《左傳》、《公羊傳》、《谷梁傳》、《論語》、《爾雅》、《孝經》、《孟子》。
十三經刻石是蔣衡篆刻的。他是清雍正年間江蘇金壇恩貢生，游歷長安時，見“開成石經”眾手雜書，紊亂不堪，深以為憾，決心自書一部十三經。于是，從雍正四年（1726年）至乾隆二年（1737年），歷時12年，完成了這部63萬字的經文手書，字體工整，一絲不茍。乾隆五年（1740年）江南河道總督高斌將蔣衡手稿轉獻朝廷，收藏于大成懋勤殿。乾隆五十六年（1791年）欽命和珅、王杰為總裁，彭元瑞、劉墉為副裁，負責考訂蔣書經文，并動工刻石。彭、劉以宋、元善本十三經校訂蔣衡手稿，并把俗題字改為古體字，同時考證經文異同。
乾隆五十九年（1794年）,碑刻成，立于太學。同時以墨拓本頒行各省。彭因功受賞太子太保銜。和珅為此嫉恨，命人一夜挖去碑上經彭改過的古體字。嘉慶八年（1803年）和珅被貶，嘉慶帝又命學者紀曉嵐、董誥等人重新校訂并補齊被和珅挖去的字，至此“乾隆石經”得以還本來面目。
與“十三經刻石”同處在一起的還有從國子監彝倫堂移來的清康熙帝御筆《大學碑》�！洞髮W》選自《禮記》一書，內容講修身、齊家、治國平天下之道理�？滴鯐üΦ咨詈�，氣勢磅礴。除此之外，北京孔廟尚有清乾隆登基60年（1795年）時鐫刻的《御制說經文》碑13座，《御制石刻蔣衡書十三經于辟雍序》滿、漢文碑各1座。
