南通博物苑是光緒年間狀元張謇（jiǎn）以個人收藏開辦的中國第一家公共博物館,距今已經有110年歷史了。因為張謇（jiǎn）是晚清實業家和教育家，創辦通州師范學校、南通博物苑、女紅傳習所等。把實業、教育稱為“富強之大本”。因為一開始曾建議學部創建國立博物館，但遭到議論反對而被擱置。他擔心學校教育不能夠沒有實物的驗證，所以參考歐洲博物館制度，開創了中國第一家博物館，張謇（jiǎn）也被稱為中國博物館事業的開拓者，提出了園館一體的理念。
南通博物苑創辦于1905年，博物苑藏品分天產、歷史、美術、教育四部，主要陳列于南館、北館等展館內，而大型文物標本則展示于室外。苑中廣植花草樹木、養殖珍禽異獸，與室內展品呼應。另有各種園林設施點綴其間。由此營造成一種高雅精致而又輕松閑適的氛圍。這種館園結合的獨特風貌體現了創始者建設中國特色博物館的辦館理念。
南館：建于1906年。初名“動礦物陳列室樓”，后稱“博物館”，是博物苑主要的陳列室，當年陳列天產、歷史、美術、教育四部。樓上陳列歷史文物，樓下陳列動、植、礦物標本。在二樓半圓型的月臺上，懸掛著張謇手書的一副著名的對聯：“設為庠序學校以教，多識鳥獸草木之名�！钡莱隽藦堝绖撧k博物苑的宗旨，就是輔助學校教育、普及科學文化知識。南館朝北大門兩旁各有一座亭子，陳列古玄妙觀的三清塑像。
北館：建于1911年。北館當初本是作為金石書畫陳列，張謇為北館作銘辭為：“將究四類，其廣海會。金概所藏，州廳縣界。力所弗堪，舉例猶派。事固無小，道奚病隘�！北别^建設中，為了陳列當時從呂四海濱出土的長達十多米的鯨骨架，張謇將其改建，樓下陳列除鯨骨架外，還陳列了苑中所藏許多其它動物的骨骼標本和化石，樓上用特制的格屏，陳列通、如、泰、海名家書畫，東西兩間可以展閱一幅清代南通畫家錢恕所作長達10米以上的山水長卷。
中館：建于1906年。始稱測候所，用以測報天氣，是中國最早的氣象觀測機構所在地。1914年，測候所遷至農校，中館改建后，作為金石碑帖陳列室。張謇先生親筆題寫了中館匾額。
南通博物苑苑徽含義
南通博物苑苑徽運用中國園林中的借景手法，以最具近代博物館象征意義的核心展館——南館為視角，透過南館陽臺掛落剪影眺望中館，并與其下方的新館館頂開放式剪影互為呼應。外框似家具牙板，又似壺器提梁，洋溢著文化氣息，充滿向上感。中館與南館在同一中軸線組合。新館的輪廓形又與博物館英文“MUSEUM”開頭字母“M”吻合，歷史與現在、未來融為一體，張謇先生的“園館一體”建設理念一脈相承；天圓地方的印章紋樣穩重大方，百年博物苑又如一方中國印烙在世人心中。標志“園館一體”特征鮮明，傳達了我國第一個公共博物館“時間之早”、“建設理論之新”、“實踐意義之強”。
博物苑歷史
1905年，張謇將建設中的通州師范學校公共植物園規建為“博物苑”，創建了我國第一個公共博物館，隸屬通州師范學校管理。張謇自為苑總理，孫鉞為苑主任。
1912年，通州改建置為南通縣，博物苑脫離通師而獨立，稱“南通縣博物苑”。
1927年，博物苑附屬于南通學院。 1935年7月博物苑回歸通師代管。
1938年，3月17日，日本侵略軍侵占南通，南通博物苑遭到破壞和掠奪，苑址被日軍占用為馬廄，文物除一部分在南通淪陷前夕轉移外，大部分散失。
1949年，2月2日，南通解放，南通市人民政府著手恢復南通博物苑，于1950年成立南通博物苑修建委員會，并開始修建工作。
1951年，修建后的博物苑改稱為“南通博物館”，由錢嘯秋副市長兼任南通博物館館長。同時將原博物苑園林部分另劃為人民公園。
1952年，8月，改稱“蘇北南通博物館”，直屬蘇北人民行政公署文教處。
1953年，蘇南蘇北合并，改稱“江蘇省南通博物館”，直屬江蘇省人民政府文化事業管理局。同年7月，江蘇省文化事業管理局決定將南通博物館委托南通市人民政府文教科代管。
1954年，4月，江蘇省人民政府決定撤銷江蘇省南通博物館，館藏文物、家具大部分移交江蘇省博物館籌備處。
1956年， 5月21日，文化部副部長鄭振鐸在全國博物館工作會議中提出：“中國博物館事業的歷史并不太久，最早的公共博物館，除了帝國主義者們在沿海地區所辦的幾個之外，要算是張謇他們辦的南通博物苑了�！� 6月9日，江蘇省人民政府決定恢復南通博物館。
1957年，4月，江蘇省人民委員會決定重建南通博物館，作為南通市文化事業機構之一，由南通市領導。8月，南通博物館籌備處成立。9月，開始維修館舍。
1958年，10月1日，南通博物館正式恢復，由尤勉齋任館長。
1968年，9月，南通博物館與南通市圖書館、文化館、市勞動人民文化宮、唐閘工人俱樂部合并為南通市勞動人民文化館，成立革命委員會。
1972年，12月，南通市革命委員會決定將圖書館、博物館從勞動人民文化館劃出，成立南通市圖書、博物館革命委員會。
1973年，4月，建立中共南通市圖書、博物館支部。
1976年，10月，南通市革命委員會決定撤銷圖書、博物館革命委員會，分別成立南通博物館革命委員會和南通市圖書館革命委員會。
1977年，1月，啟用“南通博物館革命委員會”印章。
1978年，12月，市委組織部任命：穆烜同志任南通博物館黨支部書記，徐冬昌同志任南通博物館館長。
1979年，1月，恢復“南通博物館”名稱，同時啟用新印章。
1984年，4月，江蘇省文化廳同意恢復南通博物苑原名及原貌。7月，正式恢復“南通博物苑”名稱。
1999年，12月28日，南通市人民政府決定：人民公園成建制并入博物苑，結束了原博物苑長期分為兩個單位的狀況，恢復到創苑初的包括園林部分的南通博物苑。
2000年，11月，國家文物局批復《南通博物苑保護利用規劃》。
2001年，2月，南通市文化局副局長周德芝兼任南通博物苑苑長。
2002年，8月14日，南通博物苑委托吳良鏞院士為我苑設計新展館。
2003年，3月，南通博物苑總體規劃和新館建設論證會在北京舉行。5月，南通市市文化局副局長王棟云兼任南通博物苑苑長。7月，國家文物局批復《南通博物苑規劃設計+單體方案》。
2004年，3月15日，中華人民共和國文化部和國家文物局同意共同舉辦：南通博物苑一百年暨中國博物館事業發展百年慶典活動。
2005年，9月24日至26日，南通博物苑百年暨中國博物館事業發展百年紀念大會慶典在江蘇南通隆重召開，該活動由中華人民共和國文化部、江蘇省人民政府、國家文物局主辦，江蘇省文化廳、南通市人民政府、江蘇省文物局、中國博物館協會、中國自然科學博物館協會協辦。中共中央政治局常委李長春、全國政協副主席劉延東發來賀電，向大會表示祝賀。全國政協副主席張克輝為“南通博物苑一百年暨中國博物館事業發展百年紀念牌”揭牌。大會當天，隆重舉行了中國博物館事業發展百年展暨南通博物苑新館的開館儀式。慶典期間，在南通博物苑新館的學術報告廳內舉行了主題為“博物館與城市發展”的中外博物館館長高層論壇。中國博物館學會于9月25日在南通市行政中心舉行了年會暨學術研討會。來自國內外的文博、文化界人士及國際相關機構的代表300余人出席了盛會。