智珠寺坐北朝南，從山門殿至后殿共五層殿宇。山門外有大門及紅圍墻。山門三間，大式硬山筒瓦大脊，門楣有石額“敕建智珠寺”。鐘鼓樓二層，歇山頂，角梁懸鈴。天王殿面闊三間，進深五檁。大式硬山頂，筒瓦大脊，上帶吻獸和垂獸，額枋飾旋子彩畫，三踩單昂斗栱，內為徹上明造，殿兩側有紅圍墻。殿額為“寶綱光音”。第三層方殿為正殿，面闊、進深均為三間，四周帶廊；重檐攢尖頂，上為磚寶頂，五踩單昂斗栱，角梁懸鈴，下檐柱帶雀替，三踩單昂斗栱，有旋子彩畫。第四層大殿面闊五間，大式歇山筒瓦調大脊，旋子彩畫，五踩單昂單翹斗栱，角梁懸鈴，內為井口天花，明間門楣有額為“現清凈身”，故此殿又叫“凈身殿”。后殿面闊五間，大式硬山筒瓦大脊，上帶吻獸及垂獸，旋子彩畫，帶雀替，無斗栱。
智珠寺的山門殿、天王殿、正殿及東西配殿、大殿及東西配殿、后殿及東配房尚存，其余配殿、配房等均拆除或改建。
智珠寺位于嵩祝寺之西側，與嵩祝寺共同公布為一個北京市文物保護單位。據清乾隆十五年所繪《京城全圖》，該地當時尚為一片民宅，而成書于乾隆三十九至五十年之《日下舊聞考》則有“智珠寺在嵩祝寺西”的記載，可見此寺建于乾隆十六至三十九年（1751-1774年）間。
智珠寺位于北京景山街道的北河沿大街77號。